Insilico PCR including Batch option

제작한 프라이머의 예상 사이즈을 알아보는 방법 (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr)이 여러가지가 있습니다만 여러개의 프라이머 리스트를 한꺼번에 해주는 방법이 필요할 때가 있습니다.

 

간단하게 이렇게 하면 됩니다.

isPcr reference_fasta example_isPcr.txt output_flie.txt

reference_fasta 에 reference fasta file (참고: https://www.gungorbudak.com/blog/2014/04/13/download-human-reference-genome-hg19/)을 넣어주고 프라이머 정보가 든 example_isPcr.txt 파일을 넣어주고  output_file.txt 라는 이름의 파일로 넣어주면 프라이머 예상위치, 예상 사이즈가 나옵니다. 이는 한 프라이머로 multiple PCR이 되게끔 할 때 후보를 선정하기 위해서도 사용가능합니다. 제가 이런 목적으로 사용했습니다.

example_isPcr.txt

0.00MB

isPcr을 설치하는 것이 조금 복잡합니다.

1. 사이트 접속 (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/)

2. 해당하는 리스트 클릭. 저는 Mac 이라 macOSX.x86...을 클릭했습니다.

3. 클릭 후 "blat" 을 찾아보세요... http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/macOSX.x86_64/blat/ 이렇게 바로가도 됩니다. 맥 사용자의 경우

4. 그러면 이게 나옵니다.

5. 여기서 isPcr을 선택 후 다운받습니다. 다운 받은 위치를 설치를 원하는 폴더에 옮기거나 그냥 두세요. 다운 받은 위치는 pwd 를 치면 확인 가능합니다. 다운 받은 곳에서 아래와 같이 입력합니다. 저는 iterm2 를 사용했습니다. 윈도우 환경에서는 해본적이 없지만 콘솔에서 가능할거예요.

chmod +x ./isPCR

6. 윈도우의 경우 패스 설정을 하면되고 , 맥의 경우 콘솔에서 아래와 같이 입력합니다. 패스 설정이 하기 싫다면 해당 폴더에서 "./isPcr reference_fasta example_isPcr.txt output_flie.txt" 로 입력해도 사용가능할거예요.

vi ~/.bashrc
# insert mode로 들어간다
export PATH="/mnt/isilon/zhoulab/labsoftware/labsoftware/ucsc_kent_utils/blat:$PATH" 를 해당 파일에 입력
vi를 빠져 나온 후 
source ~/.bashrc 를 입력

이러면 어느 곳에서는 isPcr을 사용가능합니다.

이렇게 하면 "isPcr reference_fasta example_isPcr.txt output_flie.txt" 이걸 쓸 수 있어요

이렇게 하면 한 리스트당 2개 열을 사용하게 되는데 (시퀀스 정보 한 줄, 시퀀스 한줄) 이를 모두 한 열에 오게 하고 싶다면

cat output.bed | awk '/^>/ {if (prev) {print prev;}; prev=$0 "\t"; next}
     {prev=prev $0;}
     END {print prev}' > output_2.bed
sed 's/ /\t/g' output_2.bed > output_3.bed
cat output_3.bed | awk '{print $4,$5,$3}' | sort | uniq -c  > output_4.bed

이걸 변형하셔서 쓰시면 됩니다.