Multiple genome alignment, Synteny map 그리기 - Mauve

Multiple genome alignment & Synteny map 그리기

 

- 이 과정은 Mauve를 이용해 진행할 수 있습니다.

Mauve

- 최근에는 업데이트가 안되는 것 같습니다. 2015년 버전이 마지막이네요..하지만 synteny map을 그려 시각적으로 확인하기에는 충분합니다. 프로그램 사용법도 상당히 쉽습니다.

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1. Mauve 설치

- 위에 있는 사이트에서 다운로드 받습니다.

- 설치 때 이런 상황이 있을 수 있습니다. 윈도(10)의 경우 https://www.java.com/ko/download/win10.jsp로 들어갑니다.

- 사이트가 변경되었거나 환경이 조금 다른 경우 구글에 "java runtime environment" 쳐서 들어가면 됩니다.

- 이때 32bit를 받아야 하는지 64bit jave runtime environment를 받아야 하는지 확인해야 합니다.  제 컴에는 64bit를 깔라고 윗 그림에 표시되어있습니다.

 

- 그림상 빨간색 화살 표에 해당하는 부분을 클릭하면 아래 그림에 해당하는 페이지를 볼 수 있습니다. 64비트를 받으라고 했으므로 저걸 받아주면 됩니다.

- 설치를 진행한 후 Mauve를 설치해줍니다.

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2. Multiple alignment 진행하기

- File > Align with progressiveMauve를 선택합니다. 그리고 align 하고 싶은 파일들을 넣어줍니다.

sample 파일들이 아래에 있습니다. 언젠가 genbank에서 받아두었던 애들입니다.

sample.zip

2.90MB

- 여기 있는 샘플들을 다 하면 약 10분 정도 걸립니다. 확인만 해보실 분들은 몇개만 선택해서 해보세요...

- 잘 진행되었다면 아래와 같은 그림을 볼 수 있습니다.

이 샘플들의 경우 대부분 염기서열들이 유사해서 빨간색이 main이고 노란색이 적은 비율로 나오는데 서로간 genome structure에 차이가 있을 경우 좀 더 다양한 색깔로 나옵니다. 아래는 Mauve 홈페이지에 있는 예시파일입니다.

출처: http://darlinglab.org/mauve/user-guide/viewer.html

 

 

View > Style 부분을 조금씩 변경해서 원하는 양식의 그림을 그려보세요.