varamos varamos

제작한 프라이머의 예상 사이즈을 알아보는 방법 (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr)이 여러가지가 있습니다만 여러개의 프라이머 리스트를 한꺼번에 해주는 방법이 필요할 때가 있습니다. 간단하게 이렇게 하면 됩니다. isPcr reference_fasta example_isPcr.txt output_flie.txt reference_fasta 에 reference fasta file (참고: https://www.gungorbudak.com/blog/2014/04/13/download-human-reference-genome-hg19/)을 넣어주고 프라이머 정보가 든 example_isPcr.txt 파일을 넣어주고 output_file.txt 라는 이름의 파일로 넣어주면 프라..

대량의 genome data를 다룰 때 awk, grep 등을 잘 쓰면 효율적으로 원하는 데이터를 얻거나 원하는 형식으로 만들 수 있습니다. 예제 샘플은 github.com/tobiasrausch/svcatalog 여기서 받았습니다. 여기에 있는 "samples.tsv"를 썼습니다. 아래 나오는 방법들은 파이썬으로 거의 똑같이 할 수 있습니다만 저처럼 파이썬 기본이 좀 부족한 상태에서 데이터를 다루다 보면 글자를 다루는 코드라 숫자라서 안 되는 경우가 있고 반대로 글자라서 안 되는 오류들이 많이 생길 거예요. 근데 awk 나 grep에서는 그런 오류가 잘 안 생깁니다. 그래서 좀 더 편한 거 같아요 1. Data 형태보기 cat samples.tsv| awk '{print $0}' | less # or,..

Intergrative Genomics View (IGV)는 가지고 있는 염기서열(bam file 이용)을 시각화해서 보여주고 보유한 유전체 염기서열의 depth 도 확인 가능합니다. 이 프로그램은 윈도에서도 사용 가능합니다. 1. IGV 프로그램 Download 및 설치 (2.8.0 버전 이용)https://software.broadinstitute.org/software/igv/download Downloads | Integrative Genomics ViewerDid you know that there is also an IGV web application that runs only in a web browser, does not use Java, and requires no downloads? S..

Multiple genome alignment & Synteny map 그리기 - 이 과정은 Mauve를 이용해 진행할 수 있습니다. Mauve Mauve is a system for constructing multiple genome alignments in the presence of large-scale evolutionary events such as rearrangement and inversion. Multiple genome alignments provide a basis for research into comparative genomics and the study of genome- darlinglab.org - 최근에는 업데이트가 안되는 것 같습니다. 2015년 버전이 마지막이네요..하지..

Plink와 the Variant Call Format (VCF) 파일을 이용해 Cases-Controls 간, Cases - Cases간 관련성있는 변이들을 찾을 수 있습니다. 이때 VCF 파일들을 하나로 합치는게 필요한데 그 때 쓰는게 vcftools 입니다. 보통 하나의 VCF 파일들은 한 개체의 변이들에 대한 정보입니다. 이 과정들은 우분투 서버에서 진행했습니다. 1. vcftools 다운로드 터미널창에 vcftools라고 쳤을 때 깔려있는게 없다면 클릭할 수 있는 URL을 보여줍니다. 그걸 클릭하면 .deb형식의 파일을 받을 수 있습니다. 아마 설치가 자동으로 될 텐데..이렇게는 해본 적은 없습니다. 따로 .deb 형식의 파일을 받았다면 아래와 같이 진행하면 됩니다. sudo dpkg –i 패키..

Genome 분석 시 fasta(fna 파일 포함) 파일 이외에도. nhr, nin 파일이 필요한 경우가 있습니다. 이 때는 Local BLAST를 설치해 makeblast 명령어를 사용해 fasta 파일로부터. nhr, nin 파일을 생성할 수 있습니다. 윈도우 환경에서도 생성할 수 있습니다. nhr, nin 파일은 간단하게 다음 순서대로 진행됩니다. 1. Local BLAST 다운로드 2. Local BLAST path 설정(exe 형태로 받을 경우 자동 설정되기도 함) 3. 명령프롬프트에서 " 명령어 치기" 이렇게 하면 nhr, nin 파일이 생성됩니다. 1. Local BLAST 다운로드 Local BLAST는 아래 사이트에서 각 PC 환경에 맞는 파일을 받으면 됩니다. 그런데 최신 버전은 nhr..

Genome 데이터 분석할 때 gbk 파일이 필요한 경우가 있습니다.간단하게 DNA sequence만 필요한 경우 아래와 같이 진행하면 됩니다.아래는 gene runner 프로그램을 이용해 gbk 파일을 만들었습니다. 전체적인 과정은 간단합니다.1. Gene Runner를 연다.2. File > Open > 변환할 fasta (fna) 파일 선택 또는 File > New > Nucleic acid sequence 클릭 후 변환할 염기서열 ctrl C + ctrl V3. Save as > 파일이름.gbk > 저장이렇습니다.1. 먼저, Gene Runner 는 아래 사이트에서 다운로드 합니다.http://www.generunner.net/ Gene Runner www.generunner.net(32비트인지 ..

Bacteria genome sequencing을 Pacbio로 했다면 필요없는 과정이겠지만, Miseq이나 Hiseq으로 데이터를 만들었고 이걸 하나의 sequence로 합치고자 한다면 아래와 같은 과정이 필요합니다. Denovo sequencing을 하려는 경우는 해당되지 않아요. Reference 에 mapping하고 하나의 sequence를 만드는 과정입니다. Sample이 하나의 chromosome으로 되어있지않고 Plasmid가 하나 또는 여러개가 더 있을 경우 아래 있는 방법으로 하면 plasmid sequence는 놓칠 수 있어요. - SAMtools와 BCFtools는 버젼을 같은 것으로 하는게 좋습니다. 둘 다 한꺼번에 새버젼으로 새로 설치를 하는게 좋습니다. 버젼이 다르면 오류가 생길..