시퀀싱 단계에서 불필요한 리드는 시퀀싱 안해버리는 기술 -나노포어

Targeted nanopore sequencing by real-time mapping of raw electrical signal with UNCALLED

 

 Timp 교수님께서 온라인으로 진행한 발표를 듣다가 다음과 같은 동영상을 보여주셨는데..이게 가능하다고?? 하면서 본 자료에 대해서 이야기 하고자 합니다. 시간이 좀 지나서 아시는 분들도 있겠지만 처음 접하시는 분들도 많을거라 생각합니다. Targeted Sequencing 방법 중 하나입니다. 동영상 40초 쯤 부분부터 해당 내용이 나옵니다.

 

nanoporetech.com/about-us/news/towards-real-time-targeting-enrichment-or-other-sampling-nanopore-sequencing-devices

Towards real-time targeting, enrichment, or other sampling on nanopore sequencing devices, rather than in the sample prep: adap

아래 회색으로 보이는 염기서열은 target이 아니었기에, 더이상 시퀀싱 되지 않게 하는 나노포어 이용 기술입니다. 출처: nanoporetech.com/about-us/news/towards-real-time-targeting-enrichment-or-other-sampling-nanopore-sequencing-devices

 

 

Minion과 같은 나노포어 시퀀싱을 진행할 때 처음부터 targeted sequencing이 가능하다는 내용입니다. 다른 플랫폼이나 나노포어 플랫폼에서도 원래 Targeted  sequencing을 하려면 뭐 primer를 짠다던가, 전처리 과정등이 필요한데 이를 극도로 줄이는 방법입니다. 원래 이런 방법은 Basecalling 이 되어야 어떤 시퀀스가 있기 때문에 이건 필요없으니까 안쓰는 방식으로 분석을 진행하는데, 이 방법은 나노포어에 의해 electric signal이 만들어질 때 그 패턴을 보고 예측된 염기서열이 원하는 target이면 시퀀싱을 진행하고 그게 아니면 뱉어버리는(?) 기술입니다. 이러면 필요한 부분의 depth를 엄청 얻을 수가 있습니다.

 

 나노포어에서 해당 지역의 depth를 많이 얻을 수 있으면 장점이 많아요. 한 염기서열 부분의 electric signal이 많으면 그  부분의 DNA modification도 이전보다 더 정확히 측정할 수 있고, 비용도 줄일 수 있어요. 그리고 아무래도 basecalling 정확도는 더 뛰어나겠죠. 그리고 target을 염기서열 분석하기 위한 전처리 과정이 엄청나게 줄어든다는건 직접 분석을 진행해야 하는 과학자들에게도 엄청난 장점이 있어요.

 

해당 논문입니다.

www.nature.com/articles/s41587-020-0731-9