Targeted sequencing - KAS sequencing

Kethoxal-assisted single-stranded DNA sequencing (KAS-seq) captures global transcription dynamics and enhancer activity in situ

www.nature.com/articles/s41592-020-0797-9?proof=t

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Kethoxal이란 chemical 을 사용한 sequencing 방법입니다.

기존에 ATAC-seq 방법과 유사한 결과를 얻을 수 있는데.. 논문에서는 훨씬 해상도가 좋다고 합니다...만 제가 아직 ATAC-seq은 따로 공부를 안해서 공부를 좀 하고 이 부분은 더 채우도록 하겠습니다. 그 둘 방법으로 비교한 결과 그림입니다. ATAC-seq에서 Catch 못 한 부분도 꽤 염기서열을 해독한 걸 볼 수 있습니다.

출처: https://www.nature.com/articles/s41592-020-0797-9?proof=t

여기서는 Kethoxal을 조금 변형해서 N3-Kethoxal (이하 N3-K) 형태로 사용하는데, 이는 아래 그림처럼 처리가 꽤 간단하게 37°C 에서 5 분간 처리하면 single stand의 Guanine에만 특별하게 결합한다고 합니다. 

 

 

출처: https://www.nature.com/articles/s41592-020-0797-9?proof=t

 

 

그리고 논문의 Extended Data Fig. 1 에서 확인이 가능한데, 여기에 Biotinylation 이 가능합니다. 그래서  biotinylation 후 fragmentation 을 하면 single strand 였던 부분을 selection하고 이 부분을 시퀀싱하면 single strand였던 부분의 염기서열을 알 수 있습니다. 그래서 실제 이 샘플에서 RNA polymerase II에 의해 열렸던 부분이 어딘가? 그리고 그 주변의 염기서열은 어떤가? 메틸레이션은 어느정도 되어있는가? 를 알 수 있습니다.

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