fasta
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Local BLAST - makeblastdb 이용 nhr, nin, nsq 파일 만들기genome data analysis/Genome analysis 2020. 4. 15. 15:27
Genome 분석 시 fasta(fna 파일 포함) 파일 이외에도. nhr, nin 파일이 필요한 경우가 있습니다. 이 때는 Local BLAST를 설치해 makeblast 명령어를 사용해 fasta 파일로부터. nhr, nin 파일을 생성할 수 있습니다. 윈도우 환경에서도 생성할 수 있습니다. nhr, nin 파일은 간단하게 다음 순서대로 진행됩니다. 1. Local BLAST 다운로드 2. Local BLAST path 설정(exe 형태로 받을 경우 자동 설정되기도 함) 3. 명령프롬프트에서 " 명령어 치기" 이렇게 하면 nhr, nin 파일이 생성됩니다. 1. Local BLAST 다운로드 Local BLAST는 아래 사이트에서 각 PC 환경에 맞는 파일을 받으면 됩니다. 그런데 최신 버전은 nhr..
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gbk 파일 변환하기genome data analysis/Genome analysis 2020. 4. 11. 17:04
Genome 데이터 분석할 때 gbk 파일이 필요한 경우가 있습니다.간단하게 DNA sequence만 필요한 경우 아래와 같이 진행하면 됩니다.아래는 gene runner 프로그램을 이용해 gbk 파일을 만들었습니다. 전체적인 과정은 간단합니다.1. Gene Runner를 연다.2. File > Open > 변환할 fasta (fna) 파일 선택 또는 File > New > Nucleic acid sequence 클릭 후 변환할 염기서열 ctrl C + ctrl V3. Save as > 파일이름.gbk > 저장이렇습니다.1. 먼저, Gene Runner 는 아래 사이트에서 다운로드 합니다.http://www.generunner.net/ Gene Runner www.generunner.net(32비트인지 ..