varamos varamos

Genome 분석 시 fasta(fna 파일 포함) 파일 이외에도. nhr, nin 파일이 필요한 경우가 있습니다. 이 때는 Local BLAST를 설치해 makeblast 명령어를 사용해 fasta 파일로부터. nhr, nin 파일을 생성할 수 있습니다. 윈도우 환경에서도 생성할 수 있습니다. nhr, nin 파일은 간단하게 다음 순서대로 진행됩니다. 1. Local BLAST 다운로드 2. Local BLAST path 설정(exe 형태로 받을 경우 자동 설정되기도 함) 3. 명령프롬프트에서 " 명령어 치기" 이렇게 하면 nhr, nin 파일이 생성됩니다. 1. Local BLAST 다운로드 Local BLAST는 아래 사이트에서 각 PC 환경에 맞는 파일을 받으면 됩니다. 그런데 최신 버전은 nhr..

Genome 데이터 분석할 때 gbk 파일이 필요한 경우가 있습니다.간단하게 DNA sequence만 필요한 경우 아래와 같이 진행하면 됩니다.아래는 gene runner 프로그램을 이용해 gbk 파일을 만들었습니다. 전체적인 과정은 간단합니다.1. Gene Runner를 연다.2. File > Open > 변환할 fasta (fna) 파일 선택 또는 File > New > Nucleic acid sequence 클릭 후 변환할 염기서열 ctrl C + ctrl V3. Save as > 파일이름.gbk > 저장이렇습니다.1. 먼저, Gene Runner 는 아래 사이트에서 다운로드 합니다.http://www.generunner.net/ Gene Runner www.generunner.net(32비트인지 ..

Bacteria genome sequencing을 Pacbio로 했다면 필요없는 과정이겠지만, Miseq이나 Hiseq으로 데이터를 만들었고 이걸 하나의 sequence로 합치고자 한다면 아래와 같은 과정이 필요합니다. Denovo sequencing을 하려는 경우는 해당되지 않아요. Reference 에 mapping하고 하나의 sequence를 만드는 과정입니다. Sample이 하나의 chromosome으로 되어있지않고 Plasmid가 하나 또는 여러개가 더 있을 경우 아래 있는 방법으로 하면 plasmid sequence는 놓칠 수 있어요. - SAMtools와 BCFtools는 버젼을 같은 것으로 하는게 좋습니다. 둘 다 한꺼번에 새버젼으로 새로 설치를 하는게 좋습니다. 버젼이 다르면 오류가 생길..

Circular map 그리기 저는 사람 유전체 분석 쪽을 주로 진행했었는데 어느 날... 세균 circular genome map을 그려달라는 부탁을 받았습니다. 그러고 나서 여러 프로그램들을 찾아봤는데 어떻게 사용하는 건지 잘 이해가 안 갔습니다. 아마 2주쯤? 시간을 투자하면 매뉴얼을 읽고 차츰차츰 터득해나갈 수 있었겠지만 이거 그리는데 2주를 다 쓸 수는 없는 상황이었습니다.... 그러고 보니 결국 한 달 정도를 circular map 그리는데 쓴 거 같긴 하네요.. Circular map을 그리는데 BRIG이라는 프로그램을 사용했습니다. 이게 얼마나 사용되고, 얼마나 좋은 프로그램인지는 모르겠습니다만.. 제가 유일하게 사용할 수 있는 circular map 그리는 프로그램입니다. 제가 매뉴얼을 ..