varamos varamos

한국에 방문할 경우 + 직계가족을 만날 경우 + 미국에서 공인된 백신을 2차까지 맞은 후 2주가 지났을 경우, 자가격리 없이 한국에서 지낼 수 있습니다. 직계가족만 만나야 하기에 어느 정도 격리상태라 볼 수 있습니다. 한국을 다시 갈 경우 비자 만기로 인해 다시 비자를 받아야 되는 사람들이 있으실텐데, 그 분들에게 도움이 될 것 같아 글을 남깁니다. 요약하면 1. 자가격리 면제 2주 후에는 비자 인터뷰를 볼 수 있습니다 (면제기간동안 2차례정도의 코비드19 검사를 진행하게됩니다) 2. 면제 기간 동안 직계가족을 볼 수 있으며, 직계가족은 저를 만나는 이 기간동안 회사 학교 등을 갈 수 있습니다 (다 같이 집에만 있어야 되는줄..) 이 정보들을 찾고 싶었지만 정확하게 안내된 자료가 없었어요. 필라델피아 영..

제작한 프라이머의 예상 사이즈을 알아보는 방법 (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr)이 여러가지가 있습니다만 여러개의 프라이머 리스트를 한꺼번에 해주는 방법이 필요할 때가 있습니다. 간단하게 이렇게 하면 됩니다. isPcr reference_fasta example_isPcr.txt output_flie.txt reference_fasta 에 reference fasta file (참고: https://www.gungorbudak.com/blog/2014/04/13/download-human-reference-genome-hg19/)을 넣어주고 프라이머 정보가 든 example_isPcr.txt 파일을 넣어주고 output_file.txt 라는 이름의 파일로 넣어주면 프라..

필라델피아에서 뉴욕까지는 버스로 두 시간 정도 걸립니다. 메가버스를 이용하면 필라델피아 30번가에서 뉴욕 맨하탄 중심부까지 2시간 만에 갈 수 있습니다. 어떻게 타는지는 여러 블로그들에서 자세히 설명해주고 있습니다. https://m.blog.naver.com/cariscoffee/221284681971 메가버스 이용방법 - 뉴욕에서 필라델피아 가는 방법(미국 메가버스 이용후기) 안녕하세요. 이번에는 뉴욕에서 필라델피아 가는 방법을 소개하고자 합니다. 방법은 다양하나 가장 간편한 ... blog.naver.com 요즘 뉴욕 사진들입니다. 정확히는 7월 10일 입니다. 사실 뉴욕이 꽤 큽니다. 저는 자유의 여신상, 엠파이어스테이트빌딩, 베슬, 타임스퀘어, 센트럴파크가 다 걸어서 2시간이면 다 볼 줄 알았습..

대량의 genome data를 다룰 때 awk, grep 등을 잘 쓰면 효율적으로 원하는 데이터를 얻거나 원하는 형식으로 만들 수 있습니다. 예제 샘플은 github.com/tobiasrausch/svcatalog 여기서 받았습니다. 여기에 있는 "samples.tsv"를 썼습니다. 아래 나오는 방법들은 파이썬으로 거의 똑같이 할 수 있습니다만 저처럼 파이썬 기본이 좀 부족한 상태에서 데이터를 다루다 보면 글자를 다루는 코드라 숫자라서 안 되는 경우가 있고 반대로 글자라서 안 되는 오류들이 많이 생길 거예요. 근데 awk 나 grep에서는 그런 오류가 잘 안 생깁니다. 그래서 좀 더 편한 거 같아요 1. Data 형태보기 cat samples.tsv| awk '{print $0}' | less # or,..

필라델피아 온지도 3개월이 넘어가지만 한국에 있을 때와 별다른 바가 아직은 없는 것 같다. 일단 사람들이 잘 다니지 않고 나도 마트를 잘 다니지 않아서..그리고 코로나라 어디를 다니기도 그렇고 해서 거의 집, 연구실만 왔다 갔다 하다 보니 그런 것 같다. 영어가 너무 늘지 않는다. 영어를 어느정도 한다고 생각했는데 막상 사람들이 뭐라고 하는지 잘 들리지 않는다. 그리고 교수님도 내 영어를 이해 못하겠다고 할 때마다 자신감이 떨어진다. 오히려 미국에 처음 왔을 때 영어에 적응하기 위해 보던 넷플릭스에서의 영어들이 지금은 더 들리지 않는다. 점점 형편없어지는 것 같다. 지금이 확 늘기 전의 슬럼프 같은 단계였던 것이었으면 좋겠다.

직장이 학교 소속(UPENN)이지만 또한 병원 소속(CHOP) 이어서 그런지 다른 사람들보다 조금 일찍 백신을 맞게 된 것 같습니다. 저번 주 월요일 (2월 15일) 모더나 2차 접종을 했습니다. 1차 접종 후에는 접종한 곳이 일주일 정도 모기 물린 것처럼 간지러웠던 것 말고는 다른 증상은 없었습니다. 모더나 2차를 오전 10시쯤 맞았는데 그 날 저녁때까지는 괜찮았습니다. 2월 15일 당일이 미국 Presidents day라 연구실 안 나가고 집에서 마이크로어레이 분석을... 끄적이고... 있었는데 이렇게 아무 이상 없이 넘어가나 했습니다만 그 날 저녁에 몸살이 왔습니다. 다행이 잠이 와서 잘 잤습니다만 새벽 3시에 깼습니다. 더 이상 잠도 안 오고 해서 마이크로어레이 분석을 또..... 그러다 새벽 4..

Kethoxal-assisted single-stranded DNA sequencing (KAS-seq) captures global transcription dynamics and enhancer activity in situ www.nature.com/articles/s41592-020-0797-9?proof=t Kethoxal이란 chemical 을 사용한 sequencing 방법입니다. 기존에 ATAC-seq 방법과 유사한 결과를 얻을 수 있는데.. 논문에서는 훨씬 해상도가 좋다고 합니다...만 제가 아직 ATAC-seq은 따로 공부를 안해서 공부를 좀 하고 이 부분은 더 채우도록 하겠습니다. 그 둘 방법으로 비교한 결과 그림입니다. ATAC-seq에서 Catch 못 한 부분도 꽤 염기서열을 해독..

프로그램 설치시 아래와 같은 오류가 발생할 수 있습니다. - 이럴 경우, 윈도(10)의 경우 https://www.java.com/ko/download/win10.jsp로 들어갑니다. - 사이트가 변경되었거나 환경이 조금 다른 경우 구글에 "java runtime environment" 쳐서 들어가면 됩니다. - 이때 32bit를 받아야 하는지 64bit jave runtime environment를 받아야 하는지 확인해야 합니다. 제 컴에는 64bit를 깔라고 윗 그림에 표시되어있습니다. - 그림상 빨간색 화살 표에 해당하는 부분을 클릭하면 아래 그림에 해당하는 페이지를 볼 수 있습니다. 64비트를 받으라고 했으므로 저걸 받아주면 됩니다. - 이렇게 설치를 진행한 후 다시 설치를 원하는 프로그램을 깔아..