varamos varamos

Bacteria genome sequencing을 Pacbio로 했다면 필요없는 과정이겠지만, Miseq이나 Hiseq으로 데이터를 만들었고 이걸 하나의 sequence로 합치고자 한다면 아래와 같은 과정이 필요합니다. Denovo sequencing을 하려는 경우는 해당되지 않아요. Reference 에 mapping하고 하나의 sequence를 만드는 과정입니다. Sample이 하나의 chromosome으로 되어있지않고 Plasmid가 하나 또는 여러개가 더 있을 경우 아래 있는 방법으로 하면 plasmid sequence는 놓칠 수 있어요. - SAMtools와 BCFtools는 버젼을 같은 것으로 하는게 좋습니다. 둘 다 한꺼번에 새버젼으로 새로 설치를 하는게 좋습니다. 버젼이 다르면 오류가 생길..