Multiple genome alignment, Synteny map 그리기 - Mauve
Multiple genome alignment & Synteny map 그리기
- 이 과정은 Mauve를 이용해 진행할 수 있습니다.
Mauve
Mauve is a system for constructing multiple genome alignments in the presence of large-scale evolutionary events such as rearrangement and inversion. Multiple genome alignments provide a basis for research into comparative genomics and the study of genome-
darlinglab.org
- 최근에는 업데이트가 안되는 것 같습니다. 2015년 버전이 마지막이네요..하지만 synteny map을 그려 시각적으로 확인하기에는 충분합니다. 프로그램 사용법도 상당히 쉽습니다.
1. Mauve 설치
- 위에 있는 사이트에서 다운로드 받습니다.
- 설치 때 이런 상황이 있을 수 있습니다. 윈도(10)의 경우 https://www.java.com/ko/download/win10.jsp로 들어갑니다.
- 사이트가 변경되었거나 환경이 조금 다른 경우 구글에 "java runtime environment" 쳐서 들어가면 됩니다.
- 이때 32bit를 받아야 하는지 64bit jave runtime environment를 받아야 하는지 확인해야 합니다. 제 컴에는 64bit를 깔라고 윗 그림에 표시되어있습니다.
- 그림상 빨간색 화살 표에 해당하는 부분을 클릭하면 아래 그림에 해당하는 페이지를 볼 수 있습니다. 64비트를 받으라고 했으므로 저걸 받아주면 됩니다.
- 설치를 진행한 후 Mauve를 설치해줍니다.
2. Multiple alignment 진행하기
- File > Align with progressiveMauve를 선택합니다. 그리고 align 하고 싶은 파일들을 넣어줍니다.
sample 파일들이 아래에 있습니다. 언젠가 genbank에서 받아두었던 애들입니다.
- 여기 있는 샘플들을 다 하면 약 10분 정도 걸립니다. 확인만 해보실 분들은 몇개만 선택해서 해보세요...
- 잘 진행되었다면 아래와 같은 그림을 볼 수 있습니다.
이 샘플들의 경우 대부분 염기서열들이 유사해서 빨간색이 main이고 노란색이 적은 비율로 나오는데 서로간 genome structure에 차이가 있을 경우 좀 더 다양한 색깔로 나옵니다. 아래는 Mauve 홈페이지에 있는 예시파일입니다.
View > Style 부분을 조금씩 변경해서 원하는 양식의 그림을 그려보세요.